泥鳅的体形在腹鳍以前呈圆筒状，由此向后渐侧扁，头较尖。体背部及两侧深灰色，腹部灰白色。尾柄基部上侧有黑班，尾鳍和背鳍具黑色斑点。胸鳍、腹鳍和臀鳍为灰白色。生活环境及饲料营养不同体色有变化。
泥鳅口亚下位，呈马蹄形，吻端向前突出。有须5对，吻端1对，上颁门1对，口角1对，下唇2对，口须最长可伸至或略超过眼后缘，但也有个别的较短，仅达前鳃盖骨。无眼下刺。背鳍无硬刺，前两枚为不分支鳍条。背0S与腹鳍相对，其起点约在前鳃盖骨后缘和尾鳍基部的中点，但有部分个体在鳃盖骨后缘和尾鳍基部的中点。胸靖距腹鳍较远。腹螬不达臀鳍。尾螬圆形。 泥鳅眼很小，圆形，为皮膜覆盖。鳞细小，圆形，埋在皮下，头部无鳞。泥鳅的视觉极差，但触觉、味觉极灵敏，这与其生活习性相吻合。
泥鳅皮下粘液腺发达，体表黏液丰富。脊椎42—49节，鳃耙退化，呈细粒状突起，鳃孔小。具咽喉齿1行。胃壁较厚，呈“工”字形，其内部左侧卷曲呈2-2.5圈的螺纹状。肠短，为直线排布，其壁薄而富弹性。螺小，呈双球形，前部包裹在骨质囊中，后细小而游离。
体形
泥鳅体较小而细长，前端呈亚圆筒形！腹部圆，后端侧扁。体高与体长之比为 1.7：8。
头部
泥鳅头部较尖，吻部向前突出，倾斜角度大，吻长小于眼后头长。口小，亚下位，呈马蹄形。唇软，有细皱纹和小突起。眼小，覆盖皮膜，上侧位视觉不发达。鳃裂止于胸鳍基部。
须
泥鳅的须有5对，其中吻端1对，上颔1对，口角1对，下唇2对。口须最长可伸至或略超过眼后缘；但也有个别的较短，仅长达盖骨。泥鳅的这5对须，对触觉和味觉极敏锐。
鳞
泥鳅头部无鳞，体表鳞极细小，圆形，埋于皮下。侧线鳞125一150枚。
体表粘液
泥鳅的体表黏液丰富。体背及体侧2/3以上部位呈灰黑色，布有黑色斑点，体侧下半部灰白色或浅黄色。栖息在不同环境中的泥鳅体色略有不同。
鳍[qí]
泥鳅背鳍无硬刺，不分支鳍条为3根，分支鳍条为8根，共11根。背鳍与腹鳍相对，但起点在腹鳍之前，约在前鳃盖骨的后缘和尾鳍基部的中点。胸鳍距腹鳍较远，腹鳍短小，起点位于背鳍基部中后方，腹鳍不达臀鳍。尾鳍呈圆形。胸鳍、腹鳍和臀鳍为灰白色，尾鳍和背鳍具有黑色小斑点，尾鳍基部上方有显著的黑色斑点。
阴阳平衡
