用根插、枝插和分蘖繁殖。
选4-6年生、根系发达、生长旺盛且粗壮优良的单株作母株。于2月上旬,挖出母株根际周围的泥土,截取筷子粗的侧根,切成15厘米长的小段,在备好的畦面上,按行距15厘米开沟,按株距10厘米,将根斜插入土中,上端稍露出土面,覆土稍加压实,挠稀粪水后盖草。2个月左右即长出新芽,此时去除盖草,并浇清粪水1次。苗高5厘米左右时,及时松土除草,并浇稀粪水1次。翌春或冬季即可出圃定植。移栽方法是:接株行距2米×3米,挖穴深60厘米左右,穴径为50厘米,施人腐熟基肥10千克。每穴栽1株,填土压实浇水。
进1-2年生发育健壮、无病虫害的枝条,取中段,于2月间,剪成20厘米长的插穗,插稿须保留3个芽眼,土端截平,下端近节处切成斜面。将插穗下端插入1毫升/升(ppm)的吲哚丁酸溶液中,浸半小时取出,按株行距10厘米×20厘米斜插入苗床中,入土深度以穗长的2/3为宜。切忌倒插。覆土压实,浇水遮荫。一般经1-2个月即可生根,地上酃芽抽生新枝,第二年就可移栽。
吴茱萸易分蘖,可于每年冬季距母株50厘米处,刨出侧根,每隔10厘米割伤皮层,盖土施肥覆草。翌年春季,便会抽出许多的根蘖幼苗,除去盖草,待苗高30厘米左右时分离移栽。