关于苔藓植物的来源问题,尚无一致的意见,有人认为起源于绿藻,其理由为:含有相同的光合作用色素;相同的贮藏淀粉;精子均具有2条等长的顶生鞭毛;孢子萌发时所形成的原丝体,与丝藻也很相似;绿藻的卵囊与精子囊的构造可与苔藓植物的颈卵器和精子器相比拟。
另一种观点是由裸蕨类植物退化而来,裸蕨类出现于志留纪,而苔藓植物出现于泥盆纪中期,要比裸蕨晚数千万年。从进化顺序上说,它们很可能起源于同一祖先。但是,上述两种观点至今还缺乏足够的证据,有待于今后进一步研究。由于苔藓植物的配子体占优势,孢子体依附在配子体上,但配子体构造简单,没有真正的根,没有输导组织,喜欢荫湿,在有性生殖时,必须借助于水,因而在陆地上难于进一步适应和发展,这都表明它是由水生到陆生的过渡类型。