肛门直肠畸形的发生率为每2500名活产婴儿中有1例。71%有肛门直肠畸形的婴儿伴其他畸形,其伴发畸形 的主要器官系统包括:泌尿生殖系统(49%)、肌肉骨骼系统(43%)、颅面部(34%)、心血管系统(27%)、胃肠道(18%)、呼吸系统(13)、中枢神经系统(12%)。
最常见的染色体异常为三体性;11例(11%)患儿伴VATER症候群(脊柱畸形、肛门闭锁、气管食管瘘伴食管闭锁、桡骨和肾畸形);4例(4%)患儿伴VACTERL症候群(脊柱、肛门、气管、食管、肾和肢体畸形)。
总之,肛门直肠畸形婴儿的先天性畸形伴发率高,必须对这些婴儿的最常伴发畸形器官进行检查,因为在肛门直肠畸形所致并发症和死亡中,这些器官的伴发畸形是最常见的原因。