AIP目前无明确的病因,约60%的AIP患者同时合并其他自身免疫性疾病,常见的伴发疾病有SjÖgren综合征(SS)、炎症性肠病(IBD)、原发性胆汁性肝硬化(PBC)、原发性硬化性胆管炎(PSC)、自身免疫性肝炎和2型糖尿病等。实验表明幽门螺杆菌(Helicobacter Pylor)可以引起肝胆和(或)肝外系统类似的纤维化和T细胞功能异常的淋巴细胞浸润,考虑HP可能在AIP的发生和发展中起到一定作用。