为查找病原菌，应根据实际情况从多方面采集标本：如排泄物、呕吐物、粪便剩余食物、用具等。
临床上引起食物中毒的细菌很多，如沙门氏菌、空肠弯曲菌、葡萄球菌副溶血性弧菌、蜡样芽胞杆菌、致病性大肠杆菌变形杆菌、肉毒梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。
沙门菌是引起食物中毒的主要病原菌之一，亦是最常见的食物中毒的原因，一般从病人的粪便或呕吐物中分离出沙门菌。
金黄色葡萄球菌引起的食物中毒：主要通过对食物或粪便中的肠毒素检测来进行诊断，因为被污染的食物经加热后葡萄球菌已被杀死若培养则出现阴性结果，而肠毒素在加热的情况下并不被破坏。
副溶血性弧菌引起的食物中毒：主要是摄入被副溶血性弧菌污染的水产品和腌菜所致该菌引起的食物中毒主要靠细菌学检测确诊。
空肠弯曲菌引起的食物中毒是由于食入弯曲菌污染的肉类或牛奶所致。该病的确诊主要依据细菌学检测。
小肠结肠炎耶尔森菌引起的食物中毒：采集食物或粪便的标本进行细菌培养。
肉毒梭菌引起的食物中毒：主要是由肉毒梭菌产生的外毒素所引起，通常应在现场采集可疑食物做细菌学检测或动物试验。
婴儿的肉毒梭菌中毒则主要是通过粪便内毒素的检测来确诊，粪便培养结果多为阴性。
1、食物中毒的诊断机构：在《食物中毒诊断标准及技术处理总则》中明确规定食物中毒患 者的诊断由食品卫生医师以上(含食品卫生医师)诊断确定；食物中毒事件的确定由食品卫生监督检验机构根据食物中毒诊断标准及技术处理总则确定。
2、食物中毒的诊断依据：食物中毒诊断基础在食物中毒调查所占有的资料，把这些资料进行整理，用流行病学的方法进行分析，结合各类各种食物中毒的特点进行综合判断。其判定依据在GB14938-34的第4部分有详尽的要求。归纳起来有以下几个方面：
(1)与进食的关系：中毒病人在相近的时间内均食用过某种共同的中毒食品，未食用者不发 病，发病者均是食用者，停止食用该种中毒食品后，发病很快停止。
(2)食物中毒特征性的临床表现：发病急剧，潜伏期短，病程亦较短，同一起食物中毒的病 人在很短的时间内同时发病，很快形成发病高峰、相同的潜伏期，并且临床表现基本相似(或相同)，一般无人与人之间直接传染，其发病曲线没有尾峰。
(3)食物中毒的确定应尽可能有实验室资料：从不同病人和中毒食品中检出相同的病原，但由于报告的延误可造成采样不及时或采不到剩余中毒食品或者病人已用过药，或其他原因未能得到检验资料的阳性结果，通过流行病学的分析，可判定为原因不明的食物中毒。
对原因不明的食物中毒，流行病学的分析报告至关重要，该报告必须满足食物中毒流行病学 特征性的要求，必要时可由三名副主任医师以上的食品卫生专家进行评定。
对各类不同的食物中毒诊断标准略有不同，要作出明确的诊断和鉴别，食品卫生医师应具有 一定业务技术水平。
需与以下疾病相鉴别：
（一）霍乱及副堆乱 为无痛性泻吐，先泻后吐为多，且不发热，大便呈米泔水样，因潜伏期可长达6天，故罕见短期内大批患者。大便涂片荧光抗体染色镜检及培养找到霍乱弧菌或受尔托弧菌，可确定诊断。
（二）急性菌痢偶见食物中毒型暴发。一般呕吐较少，常有发热、里急后重，粪便多混有脓血，下腹部及左下腹明显压痛
阴阳平衡