典型的溃疡底部活动期常分为四层:第一层急性炎性渗出物,由坏死的细胞、组织碎片和纤维蛋白样物质组成;第二层为以中性粒细胞为主的非特异性细胞浸润所组成;第三层为肉芽组织层,含有增生的毛细血管、炎症细胞和结缔组织的各种成分;第四层为纤维样或瘢痕组织层,可扩张到肌层,甚至达浆膜层。由于内镜下活检取材只能达黏膜层或黏膜下层,通常不能观察到典型的溃疡的四层结构,其病理组织上主要表现为黏膜层炎症细胞侵润,固有膜内有以淋巴细胞和中性粒细胞为主的炎症反应或肉芽肿形成。