本病在婴幼儿集中场所易发生流行。散在病理多见于儿童或成人,本病传播途径尚未完全清楚,但根据人—人接触传播的事实,且包囊具有一定的抗干燥能力,推测传播途径主要通过空气与飞沫呼吸道传播。有3例通过子宫内传播的报告,虫体可能经血液从母体传给胎儿。关于动物宿主在传播卡氏肺孢子中的作用研究不多。虽然卡氏肺孢子广泛存在于家畜和野生动物中,但显示高度宿主特异性。