1、病原学诊断查获包囊为确诊依据。收集痰液或支气管分泌物涂片染色后镜检,取材方便但检出率很低,可反复多次检查,若应用支气管冲洗术可提高检出率。经皮穿刺肺活检、支气管镜肺活检开胸肺或检,虽检出率高,但损伤大,因而不常用。常用染色方法有姬姆萨、甲苯胺蓝和四胺银染色法等。近来报道一种快速染色法仅需10余分钟,适用于临床标本快速确定有无肺孢子虫病原的检查。
2、免疫学诊断 由于大多数正常人都曾有过肺孢子虫隐性感染,血清中都有特异性抗体存在,故检测血清抗体的方法一般不用于肺孢子虫病的诊断。IFA、ELISA或CFT(补体结合试验)可试用。
3、X线检查 卡氏肺孢子虫肺炎典型病例的X线表现为两肺先出现混合性肺泡及间质性改变,以网状结节状浸润为主,从肺门向外周扩展,当病情进展时,可见肺野斑片状实变影,其间常杂有广泛性或局灶性肺气肿和小段肺不张,以肺的外围最为明显。有的斑片状实变影很快融合成大片状均匀致密的浸润影响,病变广泛而呈向心性分布,与肺水肿相似,这一X线表现具有诊断特异性。
近年来,DNA探针、rDNA探针和PCR技术等已试用于肺孢子虫病诊断,显示有较高的敏感性和特异性。