引起真菌性肠炎的病原主要是念珠菌,其次是曲菌、毛霉菌、组织胞浆菌、副球孢子菌和地丝菌等。偶见球孢子菌、马尔尼菲青真菌和新型隐球菌。念珠菌广泛存在于自然界,也是人体正常菌群之一,为条件致病性真菌中的主要一属,共有150余种。其中以白念珠菌和热带念珠菌最常见,且致病性较强。念珠菌为双相型真菌,酵母体呈卵圆形或圆形,带有单个芽生孢子,直径2.5~5μm,可相互连接形成假菌丝,菌丝体长为5~10μm,可见成串的孢子。在培养基上24h可形成较大的顶端厚壁孢子,而在含血清沙保培养基上37℃1~3h可见芽管形成。念珠菌胞壁上所含甘露糖蛋白是血清学诊断的靶抗原。曲菌属于子囊菌亚门,有性孢子为子囊孢子,无性孢子为分生孢子,但有些种单营无性生殖。曲菌共有132个种和18个亚种。致病菌主要是烟曲菌、黄曲菌、黑曲菌等10种。病灶中的曲菌孢子大小约3~4μm,形状不整,密集成群。曲菌菌丝长短不一,多呈杆状,有分隔,直径较孢子稍大,菌丝呈锐角分支,并有多根菌丝朝同一方向反复分支的倾向,排列呈放射状或珊瑚状。毛霉菌属于接合菌亚门,有性孢子为接合孢子,无性孢子为孢子囊孢子。菌丝不分隔,较粗大,壁厚具有折光性。约为曲菌菌丝的2~3倍,呈直角分支,可见膨大细胞及弯曲菌丝;孢子囊柄直接由菌丝长出。致病菌以毛霉科中的根霉属、毛霉属、犁头霉属等3类最为常见,特别是根霉属中的少根根霉和米根霉,常侵犯胃肠道。
组织胞浆菌有荚膜组织胞浆菌和非洲组织胞浆菌之分,属不全菌亚门,为双相型真菌。在组织内和37℃培养基中呈酵母型。直径2~4μm;在室温下生长缓慢,为白色菌丝集落,有典型的齿轮状大分生孢子。菌丝分隔,传染性很强。副球孢子菌亦为双相型,在自然环境中或在25℃沙保培养基上呈菌丝相生长,菌落小,镜下可见宽1~2μm有分隔的分支菌丝,在菌丝两侧有圆形或卵圆形、约3~6μm大小的侧生小分生孢子。在组织内或在37℃血琼脂上呈酵母相生长,形成大的卵圆形或球形酵母体,直径10~60μm,周围环绕多个芽生孢子,小者1~2μm,大者10~30μm。地丝菌为酵母样真菌,属于不全菌亚门,丛梗孢科,地霉属。粪等标本直接涂片经10%氢氧化钾溶液处理后,镜下可见细的分隔菌丝,以及长方形关节孢子,约4μm×8μm大小,革兰染色阳性,两个关节孢子之间无间隙,有时关节孢子一角有芽管生出。偶见圆形孢子,胞壁增厚。