器质性病因
主要包括：
(1)肠管器质性病变：肿瘤、炎症或其他原因引起的肠腔狭窄或梗阻。[1]
(2)直肠、肛门病变：肛裂、肛门周围炎症、直肠内脱垂、痔疮、直肠前膨出、耻骨直肠肌肥厚、耻直分离、盆底病等。大便时肛门口疼痛，小儿因怕痛而不解大便，导致便秘。
(3)营养性、内分泌或代谢性疾病：佝偻病、营养不良、糖尿病、甲状腺功能低下、甲状旁腺疾病等。 佝偻病、营养不良、甲状腺功能低下的患儿腹肌张力差，或肠蠕动减弱，便秘比较多见。
(4)全身性疾病：肿瘤、硬皮病、红斑狼疮等。腹腔肿瘤压近肠腔时大便不能顺利通过，也可引起便秘。
(5)神经系统疾病：中枢性脑部疾患、多发硬化、脊柱裂、脊髓损伤、肿瘤以及周围神经病变等。
(6)肠管平滑肌或神经源性病变。
(7)结肠神经肌肉病变：假性肠梗阻、先天性巨结肠、巨直肠等。先天性巨结肠的患儿，生后不久便有便秘、腹胀和呕吐。
(8)神经心理障碍。
(9)药物性因素：铁剂、钙剂、阿片类药、抗抑郁药、钙通道拮抗剂、利尿剂以及抗组胺药等。
如果便秘无上述等明确病因，为功能性便秘。
功能性病因
功能性便秘病因尚不明确，其发生与多种因素有关，包括：
(1)进食量少或膳食纤维摄入不足或水分不足，对结肠运动的刺激减少。
小儿便秘
很多小孩不爱吃蔬菜，喜欢高脂肪、高胆固醇的食品，一些缺乏健康知识的家长又不知道引导，这样造成肠胃蠕动缓慢，消化不良，食物残渣在肠道中停滞时间过久，从而引起便秘。食物中含钙多也会引起便秘。饮食中蛋白质含量过高使大便呈碱性、干燥，次数减少。食物中含钙多也会引起便秘，如牛奶含钙比人奶多，因而牛乳喂养比母乳喂养发生便秘的机会多。
(2)习惯因素 由于生活没有规律或缺乏定时排便的训练，或个别小儿因突然环境改变，均可出现便秘。
(3)结肠运动功能紊乱所致，常见于肠易激综合征，系由结肠及乙状结肠痉挛引起，除便秘外同时具有腹痛或腹胀，部分病人可表现为便秘与腹泻交替。
(4)腹肌及盆腔肌张力不足，排便推动力不足，难于将粪便排出体外。
(5)滥用泻药，形成药物依赖，造成便秘。
(6)体弱、活动过少、肠痉挛导致排便困难，或由于结肠冗长所致。
阴阳平衡