一些患者急性突发起病(flare-up),急性期食管克罗恩病因有食管炎或食管溃疡常引起吞咽疼痛,疼痛多位于胸骨后。口腔、咽部可见溃疡,会阴部亦可出现溃疡。经皮质类固醇治疗可能使食管溃疡愈合。一些患者可发展为慢性病变,这种全壁层的炎症和狭窄可导致吞咽困难和吞咽疼痛、恶心,患者常伴有食欲不振、倦怠、体重减轻。可伴有发热、关节痛、结节性红斑、贫血、口眼皮肤舍格伦综合征(干燥综合征)等胃肠道外表现。急性期血沉增快。少数食管克罗恩病患者无症状,往往经内镜或X 线检查才发现和进一步进行检查确诊。