所有部位的克罗恩病均有相似的病理特点。炎症可累及食管壁全层,但以黏膜下层和外膜病变为多见,类似复发性小肠克罗恩病的病理过程。食管黏膜结构破坏,可见纵行线状溃疡,深溃疡或裂隙深入至增厚的黏膜下层,甚至贯通至外膜面。一旦形成穿透,便可形成窦道和瘘管。受累及的食管可造成管腔狭窄、梗阻。炎症涉及食管壁各层,伴有淋巴细胞、组织细胞浆细胞浸润。食管克罗恩病最显著的病理组织学改变为,食管非干酪样肉芽肿,呈弥漫性或结节性淋巴样聚集,黏膜下层高度增宽。