引起旅行者腹泻的病原体可分为非侵袭性和侵袭性两类，霍乱，ETEC，EAEC，病毒及引起食物中毒的大多数细菌多属于非侵袭性病原体，由于病原体为非侵袭性，多无组织学变化，其感染主要在小肠，故其临床特征是全身中毒症状不明显，无发热或明显腹痛，腹泻为水样便，量多，不伴有里急后重，易导致失水与酸中毒，大便内无炎性细胞，病程一般较短，侵袭性病原体所致腹泻，肠道病变明显，可排出炎性渗出物，主要累及结肠，其临床特征是全身毒血症状较明显，有发热，腹痛和里急后重，腹泻多为黏液血便，或血性水便，便次多而量少，大便镜检时有大量脓细胞和红细胞，乙状结肠镜检查可见弥漫性充血性炎症及浅表溃疡等，志贺菌，沙门菌，EIEC，产气荚膜杆菌，耶尔森菌，空肠弯曲菌和某些特殊的病毒性腹泻等均属此类型。
同一种病原体可有多种腹泻的发病机制参与，故其临床表现可重叠出现或先后出现。
旅游者腹泻经常发生于逗留在外埠的早期阶段，在热带地区，有62%病人发生在1周内，并以第3天发病率最高。
旅游者腹泻多为自限性，腹泻期通常短暂，在热带发生腹泻者的55%和北美的65%病人均在48h内停止腹泻，而在亚热带波动于42%～61%，所有热带旅游者腹泻期平均为(3.6±0.1)天(中间值为2.3天)，而排稀便之平均期为(2.9±0.3)天(中间值为2天)，不同地区间无显著差异，在北美，腹泻期平均为(2.9±0.5)天(中间值为1.8天)，以上数值均指经各种治疗处理后的结果，在热带发生腹泻的3554名中有918名(26%)未经治疗，其平均病程为(4.1±0.2)天(中间值为2.4天)，年龄较大者腹泻期显著缩短，30岁及以下者病期4.0～4.2天，30～39岁者为3.6天，39岁以上者病期为2.9～3.2天，而且主要表现在热带地区，病程较短者发病也较迟，性别或既往热带旅游史对其并无显著影响。
在临床上，如以腹泻次数作为来衡量其严重程度的话，旅游者腹泻通常较轻，75%以上的热带旅游性腹泻患者，每天腹泻不超过5次，热带地区为(4.6±0.1)次，北美为(3.6±0.2)次，年龄间无差别，女性略多于男性，在同一地区旅游次数和旅游性质对腹泻次数无明显影响，而且在热带地区腹泻次数与病程长短之间未见显著相关性，水样便与不成形便仅提示后者往往出现在轻症患者而已，在妇女中和发病较高地点的腹泻患者，其腹绞痛症状发生率较高，探险性旅行者发生腹泻时伴有较多的发热症状。
临床上，排稀便并不单纯是功能性紊乱，其在症状上和病期上均与轻型旅游者腹泻相类似而无法加以区分，至于各地腹泻发病率，发病时间和病程长短上的差异，以及伴随症状，均与其特异的病原体有关。
血样泻见于10%～15%的旅行者腹泻病例，发热和腹痛常伴有痢疾，但对病因诊断来说指导意义不大，便溏，量少，并有黏液和血，这是主要侵袭结肠和远端回肠的痢疾性微生物的典型表现，尽管血样泻强烈提示存在侵袭性微生物(如空肠弯曲菌，沙门菌属和志贺菌属等)，但在此类感染中并非一成不变，故不同病因间的临床差异是不可靠的。
持续性腹泻(表4)在旅行者中并不多见，如有发生可考虑蓝氏贾第鞭毛虫病，隐孢子虫病，环孢子虫病，可能还有类圆线虫病，持续性腹泻经彻底的检查后如仍未检出肠道病原体，则可能系由热带口炎腹泻引起，这种病通常见于到印度次大陆，东南亚部分地区和加勒比地区旅行的人员，在非洲极罕见，现已证实感染后可发生肠激惹综合征，并可在一次感染性事件发生后持续数月之久，多数为急性发病，但可能持续很久。
根据患者旅游地的流行病学史，发病季节，临床表现和大便性状易于做出临床诊断，同时必须判定有无脱水(程度和性质)，电解质紊乱和酸碱失衡等，注意寻找病因。
阴阳平衡