并发脑膜炎、骨髓炎、心包炎等。
感染可扩散至呼吸道以外组织,主要为皮肤、骨、关节和脑膜等,可出现脑膜炎、胸腔积液等并发症。
肺孢子菌性空洞潜在的并发症有继发细菌或其他真菌感染、空洞破裂、致命性大咯血。
慢性进行性的晚期并发症,临床及X线表现酷似粟粒性肺结核免疫受损,可迅速发展为呼吸衰竭。