衣原体从呼吸道等途径进入体内后,即被吞噬细胞吞入。衣原体在吞噬细胞内增殖并释放,再感染其他组织如肺、气囊和心包膜等,并在这些组织内增殖,其主要致病作用是通过产生的内毒素。
各种鸟禽类衣原体病的病理变化大同小异。体腔和气囊、浆膜纤维素性炎症,呈云雾样混浊,盖有厚层渗出物。肝肿大,常有个别或多数针头至粟粒大小的坏死灶或增生灶。脾肿大,纤维素性心包炎,肠道炎症,内容物中含有血液,通常有腹膜炎。