肠系膜上动脉栓塞的诊断早期较困难,直至后期出现休克,腹腔穿刺抽出血性液体时才会考虑到肠系膜栓塞的可能性,临床医师应该根据患者典型的症状体征,特殊的腹部疼痛及呕吐,结合相关的辅助检查及一定的临床经验,早期想到此病的可能性。另外,肠系膜上动脉栓塞的诊断主要与肠系膜上静脉血栓形成的诊断相鉴别,还需与本病相鉴别的疾病还有:胃肠穿孔、急性胰腺炎、肠扭转、肠套叠和卵巢囊肿扭转等。