细菌进入肠道后通过肠毒素、细胞毒素及侵袭力致病。小肠结肠炎耶尔森菌首先黏附在回肠下端、盲肠及结肠黏膜,继而侵袭到固有层并引起炎症形成浅表溃疡集合淋巴结肿大和肠系膜淋巴结炎。其产生的耐热肠毒素抑制上皮细胞对Na+和水的吸收引起腹泻。若机体抵抗力下降,此菌可进入血流引起败血症和迁徙性病灶。此外该菌还可诱发自身免疫性疾病,现认为与超抗原活性有关健康搜索假结核耶尔森菌进入肠道后常局限在回盲部淋巴结和肠系膜淋巴结,形成化脓性淋巴结炎和肉芽肿病变,偶尔进入血流。