本病由于食管闭锁,极易并发吸入性肺炎和肺不张,故应给予高度重视。
其它并发症主要是手术中和手术后的一些并发症,包括:吻合口瘘、脓胸、气胸。吻合口水平反复出现的食物嵌顿;需手术治疗的胃食管反流;需用其他器官代替食管的病例会有更多的合并症。