食管闭锁的典型临床表现为唾液不能下咽,返流入口腔,出生后即流涎、吐白沫。每次哺乳时,1型和3型病人由于乳汁不能下送入胃,溢流入呼吸道;2型及4型和5型病例则乳汁直接进入气管,引起呛咳、呕吐,呈现呼吸困难、紫绀、并易发生吸入性肺炎。食管下段与气管之间有食管气管瘘的1型和4型病例则呼吸道空气可经瘘道进入胃肠道,引起腹胀,同时胃液亦可经食管气管瘘返流入呼吸道,引致吸入性肺炎,呈现发热、气急。由于食物不能进入胃肠道,病婴呈现脱水、消瘦,如不及时治疗,数日内即可死于肺部炎症和严重失水。体格检查常见脱水征象,口腔内积聚唾液。并发肺炎者,肺部可听到罗音,炎变区叩诊呈浊音。