90%以上肠结核由人型结核杆菌引起,此外,饮用未经严格消毒的乳制品可因牛型结核杆菌而致病,肠结核感染可经口、血行播散和邻近器官结核的波及所致。结核病的发病是人体和结核菌相互作用的结果,经上述途径获得感染仅是致病的条件,只有当入侵的结核菌数量较多,毒力较大,并有人体免疫功能异常、肠功能紊乱引起局部抵抗力削弱时,才会发病。