胃畸胎瘤病因一直未阐明,然而一般认为与来自身体任何部位畸胎瘤不同,因为它与背部体轴、胚胎体壁和胸腹无关,而是来自内脏壁。这可能是其他部位畸胎瘤恶性约占1/4,而胃畸胎瘤通常是良性的原因。
与其他部位畸胎瘤一样,胃畸胎瘤含有三个胚层成分,这些成分大部分主要是成熟组织,但是有些神经组织显示原始未成熟结构。不同在于一般认为本病是良性的,而且从发现发展到恶性。尽管通常见到未成熟的神经组织,少数病例病理报道为未成熟型畸胎瘤,但临床上都证实为良性,单纯的肿瘤切除,而不加用化疗效果良好。年龄、性别和大体形态、梗阻症状、胃肠道出血和X线表现都不是本病恶性的可靠征象。专家分析向胃内生长的肿瘤由于黏膜溃疡可引起呕血和黑便症状。