十二指肠溃疡应与其他可具有上腹痛征候群的疾病相鉴别,如慢性胆囊炎胃食管反流性疾病、慢性胰腺炎、胆道梗阻、胃癌胰腺癌、残胃炎等,极少数的横结肠病变也可引起类似的表现大多数情况下,这些疾病的其他特征常可提示其存在。但即使排除了上述所有疾病仍有50%以上的反复发作的上腹不适或消化不良症状不能用内镜或影像学检查的结果来解释。这些病人的诊断常常被归入“非溃疡性消化不良”。当溃疡病患者的疼痛加重时,需考虑穿孔或穿透的可能溃疡病患者中剧痛虽不常见,但有时可类似于急性心肌梗死、主动脉夹层动脉瘤、胆道或输尿管绞痛、急性胰腺炎、胆囊炎或憩室炎、绞窄性肠梗阻等所致疼痛。仔细查体(包括腹部压疼的位置)常有助于缩小鉴别诊断的范围。