(一)细菌性痢疾:典型菌痢有高热、腹痛、腹泻、泻脓、血便、腹痛,在下腹或左下腹明显压痛,且有肠索伴明显里急,后重粪检有较多脓细胞吞噬细胞。重者常脱水这都有利于和本病区别。
(二)其它细菌所致腹泻如鼠伤寒致病性大肠杆菌、耶氏菌亲水气单胞菌、其他厌氧菌等。单从临床有时很难鉴别,怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。
(三)肠道外感染者须与沙门菌病及布氏菌病鉴别。