主要病理变化在于小肠粘膜,病变的程度和范围有很大的差异。小肠粘膜绒毛萎缩、变平、变形,甚至消失。表层环状细胞减少,上皮下层有炎性细胞增多和腺体增生。粘膜柱状上皮细胞变低平。胞浆有空泡,核大小不一,微绒毛模糊不清。有些病例粘膜粗厚,呈慢性炎变,绒毛仍存在,但杂乱无章,肠腔可有不同程度扩大。肠粘膜细胞的酶分泌减少,如二糖酶、二肽酶、脂酶、磷酸酶以及脱氢酶,肠液及肠道激素分泌亦减少。
因此,不但肠粘膜吸收面积减少,吸收功能减低,酶的活性也下降,并致消化食物的功能亦减低。病人每天丢失大量脂肪、蛋白、糖、水份和盐类,以致引起各种相应临床症状。