80%以上的流产发生在妊娠12周以内，随后流产率迅速下降。至少半数以上早期流产是由胚胎染色体异常所致。自然流产风险随产次、父母年龄增加而升高。 常见流产原因包括：[2]
染色体异常
包括夫妻染色体异常和胚胎染色体异常。常见的夫妇染色体异常为平衡易位、罗伯逊易位等。胚胎染色体异常中三倍体最多、其次为多倍体、X单体、常染色体单体、染色体平衡易位、缺失、嵌合体、倒置、重叠等。复发性流产夫妇染色体异常的发生率为4%，而正常人群为0.2%，其中母源与父源之比为3:1。单次自然流产中胚胎染色体异常为主要原因，随流产次数的增加胚胎染色体异常发生率减少。
母体内分泌失调
自然流产（1）黄体功能不全：占大约23%-60%，基础体温双相型，但高温相小于11日，或高低温差小于0.3，子宫内膜活检示分泌反应至少落后2日，黄体期孕酮低于15ng/ml引起妊娠蜕膜反应不良，2－3个周期黄体功能检测显示不足，方可纳入诊断，黄体功能不全影响孕卵着床。
（2）多囊卵巢综合征：高浓度的促黄体生成素，高雄激素和高胰岛素血症降低了卵子质量和子宫内膜容受性，容易导致流产发生。
（3）高泌乳素血症：黄体细胞存在泌乳素受体，高泌乳素抑制颗粒细胞黄素化及类固醇激素，导致黄体功能不全和卵子质量下降。有学者发现泌乳素可减少早期人类胎盘绒毛膜促性腺激素的分泌。
（4）甲状腺疾病：甲状腺功能低下与反复发生的自然流产相关。
（5）糖尿病：亚临床或控制满意的糖尿病不会导致流产，未经控制的胰岛素依赖型糖尿病自然流产率增加。
母体生殖道的异常
(1) 子宫畸形：包括单角子宫、双角子宫、双子宫及子宫纵隔等。其中尤以子宫不全纵隔最易导致流产及早产。主要由于纵隔部位内膜发育不良，对甾体激素不敏感，血液供应差。
（2）Asherman 综合症：宫腔体积缩小，对甾体激素应答下降。
（3）宫颈机能不全：引起晚期流产和早产，是导致妊娠中期流产的主要原因。
（4）子宫肌瘤： 粘膜下肌瘤及大于5cm肌间肌瘤的与流产有关。
生殖道感染
细菌性阴道病患者妊娠晚期流产及早产发生率升高；沙眼衣原体、 解脲支原体造成子宫内膜炎或宫颈管炎可致流产。
其它
不健康生活方式与流产相关。有学者报道，每天吸烟超过14支的女性，流产风险较对照组增加2倍。酗酒、过量饮用咖啡因以及环境因素如有机溶剂和毒物等的影响。
阴阳平衡