对持续性异位妊娠的处理包括期待疗法、药物疗法及手术处理其中以手术方法多见。由于此类患者情况各异,对生育要求不同,因之手术方法亦不一致例如再次输卵管切开术,部分输卵管切除及全部输卵管切除术等。对无症状的或症状显著者则用药物处理,如用小剂量甲氨蝶呤(MTX)都有轻微副作用,但患者多能忍受,无须再用亚叶酸钙(甲酰四氢叶酸钙)可避免第二次手术。少数患者可以经期待疗法自愈,因此对PEP的处理应注意个别化。