胃食管交界的解剖结构抗反流作用削弱 胃食管交界的抗反流结构构成食管抗反流屏障；是一个结构复杂的解剖区域，包括食管下括约肌（Lower esophageal sphincter，LES），膈肌脚，膈食管韧带，食管与胃底间的锐角（His角）等，其中最主要取决于LES的功能状态，LES具有括约肌的功能，上述各部分解剖结构的缺陷或功能降低均可导致胃食管反流。
（1）LES功能不全：LES是位于食管末端3～4cm长的环形肌束，在静息时为高压区，构成一个压力屏障，有阻止胃十二指肠内容物反流入食管的生理作用，称为LES屏障作用，正常人时LES压（LESP）为1.33～4.00kPa（10～30mmHg），LES的生理功能受神经-体液调节，一些因素可导致LESP降低；如迷走神经功能减退，出现非胆碱能神经的抑制作用，某些激素（如胰泌素，胰升糖素，胆囊收缩素等），药物（如钙通道阻滞药，地西泮），某些食物（如咖啡，高脂肪，巧克力）等，研究表明，LESP 0.8kPa（6mmHg）时很容易发生胃食管反流，正常情况下，LES伴随着吞咽动作而松弛，食物得以进入胃内，而一过性LES松弛（transit lower esophageal sphincter relaxation，TLESR）与吞咽时引起的LES松弛不同，其可在无吞咽动作和食管蠕动刺激情况下产生，且松弛时间更长，LESP下降速率更快，LESP低压值更低，频繁发生的LES自发性松弛使食管抗反流屏障作用严重削弱，而导致GERD，目前认为TLESR是引起胃食管反流的主要原因，此外，胃内压升高（如胃扩张，胃排空延缓等）及腹内压增高（如腹水，呕吐，妊娠后期）所致的LES被动松弛，均可导致LESP相应降低而发生胃食管反流，约1/2的GERD患者有胃排空延缓。
（2）食管裂孔疝：不少中至重度反流性食管炎患者伴有滑动型裂孔疝，但为数不少的食管裂孔疝并不合并反流性食管炎，两者之间无明确病因关系，目前认为食管裂孔疝合并反流性食管炎的机理主要是LES张力低下和（或）频发地出现LES自发性松弛，滑动型裂孔疝是裂孔疝中最常见类型，其使His角变钝加重胃食管反流，裂孔疝患者多伴有不同程度的胃食管反流。
食管廓清作用 正常情况下食管内容物通过重力作用，一部分排入胃内，大部分通过由吞咽动作使食管体部产生的自发性蠕动和反流物引起食管扩张，刺激食管壁使食管产生自上而下的继发性蠕动而排入胃内，达到容量清除（Volume clearance）作用，是食管廓清的主要方式，容量清除减少了食管内酸性物质的容量，剩余的酸由咽下的唾液中和，唾液中富含碳酸盐，pH为6～8，每小时有1000～1500ml吞咽入胃，可中和部分反流入食管的酸性胃内容物，而在反流性食管病时，食管体部蠕动减弱，使其对反流物的容量清除下降，唾液分泌减少，也影响对反流物的化学清除作用，致使酸性反流液滞留在食管内，引起组织损害。
食管黏膜屏障作用 在胃食管反流病中，仅有48%～79%的患者发生食管炎症，另一部分患者虽有反流症状，却没有明显的食管黏膜损害，揭示食黏膜对反流物有防御作用，这种防御作用称为食管黏膜组织抵抗，包括食管上皮表面黏液，不移动水层和表面HCO3-，复层鳞状上皮结构和功能上的防御能力以及黏膜血液供应的保护作用等，食管黏膜复层鳞状上皮排列紧密，不具渗透，吸收作用，黏膜表面附着的黏液对胃蛋白酶起屏障作用，黏膜表面还有HCO3-离子，能中和一部分反流物中的H+，这些构成了食管上皮前的防御机理，一部分H+穿过食管上皮前的保护层后，继续破坏上皮层的保护机理，损害上皮细胞H-穿透过细胞间的界线，抵达较深层的上皮细胞，引起细胞死亡，因而上皮糜烂，溃疡，进而促进其底细胞的增生，上皮后的因素是指黏膜血流及酸碱状况等，黏膜良好的血液循环对食管黏膜提供支持和食管黏膜细胞的更新，胃食管反流程度和食管黏膜损害程度不平行，个体差异较大，这显然与上述因素有关。
反流攻击因子增强 胃食管反流病患者，只有在食管防御功能减弱，攻击因子处于优势时，始能出现组织病变，食管黏膜受损程度与反流物和黏膜接触时间长短有关，尤其与反流物的质与量有关；反流物的攻击因子，是指反流物内胃酸，胃蛋白酶，胆盐及胰酶等，其中损害食管黏膜最强的是胃酸，pH<3时，黏膜上皮蛋白变性，同时胃蛋白酶呈活性状态，消化上皮蛋白，幽门括约肌功能状态同样可影响胃食管反流，当幽门括约肌和LES的张力同时低下或有胃大部切除病史致过多十二指肠胃反流存在时，肠液中的胆酸，胰液和溶血卵磷脂等均可同时反流入食管，增加食管黏膜的渗透性，加重胃酸，胃蛋白酶对食管黏膜的损害作用，侵蚀食管角化表层的上皮细胞，使之变薄或脱落，并透过新生的鳞状上皮细胞层深入食管组织，夜间容量清除和化学清除显著下降，反流物接触食管膜时间延长，易并发食管炎。
病理：在有反流状食管炎的GERD患者，内镜下可见食管黏膜呈弥漫或区域性水肿，潮红，有时表面为颗粒状，脆而易出血；病变加重时上述表现更为显著，出现糜烂或纵行浅溃疡，甚至整个上皮层均可脱落，但一般不超过黏膜肌层，病变多位于食管下端和胃交界处，部分病人可侵及食管中段，反流性食管炎晚期因黏膜糜烂，溃疡和纤维化反复发生可导致食管瘢痕性狭窄，食管炎的病理组织学改变可有：
①复层鳞状上皮细胞增生，鳞状上皮细胞气球样变。
②乳头状突起加深，向上皮腔面延长，一般达到黏膜全层的1/2或2/3以上。
③固有层呈中性粒细胞浸润。
④糜烂及溃疡，此外，由于受反流物慢性刺激，食管与胃交界的齿状线2cm以上食管黏膜鳞状上皮可化生为柱状上皮细胞，称为Barrett食管，这种情况因可发生癌变而受到重视，内镜下典型表现为粉红带灰白的正常食管黏膜区呈现胃黏膜的橘红色，边界清楚，形态有环形，舌形或岛状，组织学上为特殊型柱状上皮，贲门型或胃底型上皮。
阴阳平衡