棘阿米巴原虫是一种可见于土壤、污染的淡水、海水、游泳池、谷物及家畜的小阿米巴。棘阿米巴也常存在于人类鼻腔黏膜。还可见于接触镜或清洗镜片的溶液。在自然界中,棘阿米巴以滋养体和包囊两种形式存在。滋养体是棘阿米巴的活动期形式,主要以有丝分裂的方式进行繁殖。包囊是棘阿米巴的静止期形式,能耐受干燥、高温及化学物质的损害。两种形式可相互转化,其转化机制尚未完全了解。