主要致病菌为乙型溶血性链球菌。非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、弓形虫及一些病毒(包括腺病毒、流感病毒、副流感病毒、E-B病毒、巨细胞病毒、HIV病毒、甲型肝炎病毒、风疹病毒等)也可引起本病。细菌和病毒混合感染较多见。近几十年来,还发现有合并厌氧菌感染的病例。
急性扁桃体炎的病原体可以通过飞沫、食物或直接接触而传染,故有传染性。
上述病原体存在于正常人的口腔及扁桃体内不会引起发病,当某些诱因(如受凉、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、AIDS等)使全身或局部的免疫力降低时,病原体侵入体内或原有病原体大量繁殖则可致病。
如急性咽炎、鼻炎、口底炎等蔓延而累及腭扁桃体。