真菌是慢性肉芽肿性关节炎的常见致病因子。各种真菌都可以引起骨关节病变侵害筋骨系统的最常见真菌是粗球孢子菌(Coccidioide immitis)、荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)、皮炎芽生菌(Blastomycetes dermatitis)申氏孢子丝菌(Sporotrichum schenckii)和免疫机能障碍者的念珠菌、曲霉、隐球菌和组织胞浆菌等。