很多患者不能忆及蜱咬病史,通常在血涂片中发现巴贝虫而确诊。发现4分体或篮筐样虫体或大量的红细胞外原虫是颇具诊断价值的线索,血清学试验或用PCR技术检测血液中的巴贝虫DNA也是有用的。将患者的血液接种到仓鼠或沙土鼠,然后观察接种鼠的原虫血症也可作为诊断手段。