本病的预后,一些病例在发病后数月或数年后自行缓解;一些儿童期病例可持续到成人时期。眼肌型在青春前发病者预后较青春后发病者好,单纯眼肌型约1/4患儿在最初2年内可有1次自然缓解。但以眼部症状起病者,约80%可逐渐累及其他肌群,只有20%患儿仅仅累及眼肌。多数病例经免疫抑制药、胸腺切除及胸腺放疗等治疗可能得以治愈。
重症肌无力患儿最初几年的病死率为5%~7%,死于重症肌无力本身者,多数病程在5年以内;死于继发感染者,多见于病程5~10年的患儿;死于呼吸功能衰竭者,常见于病程10年以上患儿。