本病需与细菌性肺炎、病毒性肺炎、真菌性肺炎,ARDS及淋巴细胞性间质性肺炎(LIP)相鉴别。其中尤以LIP与本病均易发生于AIDS患儿更难鉴别,但LIP多呈慢性,以咳及干罗音为主,有全身淋巴结增大及唾腺增大,可在肺活检标本中查出EBV-DNA1,而PCP不能查出。