幽门螺杆菌(Hp)革兰染色阴性,常作S形或弧形弯曲,有1~3个螺旋,长2.5~4.0μm,宽0.5~1.0μm,延长培养时间或药物治疗后,常呈类球形。菌体两端钝圆,菌体的一端或两端有2~6条带鞘的鞭毛,鞭毛长约为菌体的1.0~1.5倍,粗约为30nm,各有着毛点,着毛点不内陷,鞭毛末端呈圆球状或卵圆形。细胞壁光滑,与上皮细胞膜紧密相贴。在鞭毛根部内侧的细胞质末端有一明显的电子密度降低区,可能与鞭毛运动的能量贮存有关。猫胃螺杆菌(Helicobacter felis,Hf)和海尔曼螺杆菌(Helicobacter helimannii,Hh)均为3~12个紧密的螺旋,与Hp极易区别。
人胃活检标本分离的Hp菌株有多样性基因表型,至少可分为两大类型:Ⅰ型为有细胞毒相关基因A(cytotoxin associated gene A,Cag A),表达CagA蛋白及空泡毒素(vaculating cytotoxin A,Vac A);II型无Cag A,既不表达Cag A蛋白,也不表达Vac A。Hp是一种专性微需氧菌,其稳定生长需依靠在生长的微环境中含5%~8%的氧气,在大气和绝对厌氧环境中均不能生长。Hp生长缓慢,通常需3~5天,才能形成针尖状小菌落(0.5~1.0mm)。能产生尿素酶、过氧化氢酶、脂酶、磷脂酶和蛋白酶。细菌对外环境的抵抗力不强,对干燥及热均很敏感,多种常用消毒剂很容易将其杀灭。