潜伏期为数小时至1～2天。起病急、发展快，突然高热，体温达39～40℃，甚至更高，精神萎靡、嗜睡、反复惊厥、昏迷，甚至发生循环及呼吸功能衰竭等严重症状。而胃肠症状腹泻在早期常不明显，往往需经0.9%温盐水(200ml)灌肠采取沉底粪便检查，发现有多数白细胞或见红细胞方能确诊。
由于全身各脏器微循环障碍程度不同，临床上可表现出以下不同类型：
1.脑型(脑微循环障碍型) 以脑微循环障碍为主，脑水肿明显，轻度表现面色发灰，精神萎靡，嗜睡，惊厥，口唇发绀，呼吸增快，四肢肌力增高，血压正常或轻度升高。重度表现出中枢性呼吸衰竭：神志昏迷，频繁或持续性惊厥，面色苍灰，瞳孔一侧大、一侧小，对光反射迟钝或消失。呼吸深浅不匀、节律不整或有双吸气、叹息样呼吸、下颌呼吸、然后呼吸次数逐渐减少，减少至12次/min，这是一个危险信号，如不给予特殊抢救，患儿可突然呼吸停止而死亡。
2.休克型(皮肤内脏微循环障碍型) 此型以皮肤内脏微循环障碍为主，大量血液淤滞在外周，有效循环血量不足。轻度表现神志尚清楚，但有烦躁，精神萎靡，面色苍白，手脚发凉，口唇轻度发绀，皮肤发花，末梢循环差，毛细血管再充盈时间＜2s。尿量减少，脉搏增快，脉压差小，血压略降低；重度表现：神志模糊或昏迷，面色苍灰，四肢湿冷，口唇发绀，四肢皮肤花斑，末梢循环更差，毛细血管再充盈时间＞3s，脉搏微弱或摸不到，少尿或无尿，血压明显下降或测不出。
3.肺型(肺微循环障碍型) 又称呼吸窘迫综合征，以肺微循环障碍为主，此型少见，常在毒痢脑型或休克型基础上发展而来。病情危重病死率高。轻度表现：烦躁不安，面色暗红，呼吸加快，频率＞35次/min，进行性呼吸困难，肺部呼吸音减低，X线可见肺部网状阴影。血气分析，pH＞7.45，氧分压＜8.0kPa(60mmHg)，二氧化碳分压＜4.67kPa(35mmHg)；重度表现：有严重的吸气性呼吸困难，张口大幅度吸气(因肺泡内换气不好、缺氧严重)，发绀进行性加重。肺部呼吸音减低，出现管状呼吸音、捻发音，X线见肺部大片状阴影或两肺广泛实变。血气分析pH＜7.35，氧分压＜5.33kPa(49mmHg)。二氧化碳分压＞5.99kPa(45mmHg)。
4.混合型 上述2型或3型同时存在或先后出现。此时毒痢患儿由于全身严重的微循环障碍，重要器官的血流灌注锐减，组织缺血缺氧严重，甚至发生组织细胞坏死，极易发生多器官功能衰竭。混合型病死率甚高。
阴阳平衡