应排除其他原发性免疫缺陷病,如X-连锁无丙种球蛋白血症(XLA)、高IgM综合征,重症联合免疫缺陷(SCID)以及伴有低免疫球蛋白血症的继发性或获得性免疫缺陷病(SID)。婴幼儿发病者不易与XLA鉴别,CVID血清总Ig一般不低于300mg/dl,外周血B细胞计数接近正常,临床症状也较XLA轻。有时难以与淋巴瘤相鉴别。