预防
养过草鱼种的池塘，特别是以前患过草鱼三病（肠炎、烂鳃、赤皮病）的池塘不要用于草鱼种的培育。
对旧鱼塘彻底清淤，通过清淤和曝晒池底，以杀死病菌、病毒，消除鱼病隐患。
把好鱼苗质量关。如果是自繁的，最好在繁殖前对亲鱼进行灭活疫苗的注射。如果需引种，最好从国家或省级苗种基地引进。
草鱼与鲢、鲫的放养比例控制在80:20左右。
草鱼种培育前期，在5～7天内完成鱼苗的驯化抢食，饲料投喂要充足，防止因饲料短缺，造成鱼苗体质弱。
精饲料须用草鱼种专用配合饲料，在7月中旬以前（体长10厘米左右）以投喂精饲料为主，加快鱼苗的生长；7月中旬-9月中旬，减少精饲料的投喂量，增加优质青绿饲料的投喂量，使精饲料与青饲料的比例控制在1:3～4:9；9月中旬以后，适量增加精饲料的投喂量，精青饲料比例控制在1:1～1.5。同时在6月下旬～9月下旬，精饲料中要加入抗菌药防鱼病。
注重日常消毒管理：⑴鱼种培育前期即6月中旬以前，每15天左右每亩用20～30公斤生石灰全池泼洒1次。⑵6月中旬～9月中旬每10天左右每亩用0.2～0.25公斤安勒斯消毒剂全池泼洒.⑶养殖中后期，每月每亩全池泼洒1公斤光合细菌1次。
治疗
寄生虫鱼病：如中华鳋、三代虫等，每亩用灭虫王0.5公斤全池泼洒，隔天1次，连用2次。
肠炎、烂鳃、赤皮病：⑴发现草鱼种因患“三病”有一定的死亡数量后，应立即减少精饲料的投喂量或不喂精饲料，也不投喂青饲料。停料3～5天以后，投少量拌有肠炎烂鳃灵的青饲料，以后慢慢增大青饲料的投喂量。待鱼病缓解后，再投喂少量的精饲料。⑵将每亩5公斤大黄干燥片（粉碎），用浓度0.4%的氨水浸泡14小时以上，全池泼洒，连用3天。⑶用纯度99%的卡那霉素粉剂0.5克粘附1公斤芜萍，投喂量为鱼体重的1.5%左右，连用1周。注意：在草鱼种患“三病”较严重时，忌用含氯药物如漂白粉、二氧化氯等。否则，会造成患病鱼种的大批死亡。
草鱼肝、肾疾病的症断和治疗
草鱼1、黄肝（肝炎）
症状：肝脏显土黄色，胆液显浅黄色或无色。病症严重的一般还伴有肾脏肿大，腹腔有积水，肠道红肿等症状。
病因：由细菌病原体，如嗜水气单孢菌等引起的组织器官病变。
治疗：采用水质改良与体内外杀菌并举的技术措施。
第一天和第三天，每667立方米水体用九州神农1号（二氧化氯）300克，化水后全池泼洒。同时在第一天开始在饲料中添加抗菌素或抗生素药物，如恩诺沙星（出口产品禁用）或盐酸土霉素等3～5天。
在完成第一个疗程后, 每667立方米水体用施诺克（地衣芽孢杆菌）250克以改善水质，降解有害的游离态氨、氮，控制亚硝酸盐等有害物质。
2、绿肝
症状：病鱼离群独游，头和背部有发黑现象等。解剖发现肝脏中有绿色斑块，胆肿大，胆液显深绿色。
病因：草鱼长期、并大量摄取了有刺激性物质的食物；或饲料中霉菌数量超标。
治疗：
不投喂发霉变质的饲料。
调整或适当减少饲料的投喂量。
投喂药饵。在草鱼饲料中加入解毒、排毒、消炎等药物，如“三黄散”或“肝胆利康散”等，连续投喂5～7天。
3、白肝（脂肪肝）
症状：鱼体肝脏显白色。
病因：饲料营养不平衡，或饲料中脂肪含量过高。
治疗：调整饲料营养结构比例；或降低饲料中的脂肪含量。
4、肾炎
症状：肾脏有炎症且积水，肾功能下降。同时伴有腹腔积水，鱼体外表伴有败血性出血症状。
病因：由环境因素与病原体，如嗜水气单孢菌等，单独或联合引起的肾脏病变。
治疗：每667立方米水体用施诺克（地衣芽孢杆菌）250克，再同时投喂抗菌素药饵，如恩福德（恩诺沙星，出口产品禁用）或氟瑞康（诺氟沙星，出口产品禁用）或抗生素盐酸土霉素等。内服药需拌饵投喂5天左右（视病情调整药饵时间）。
5、花肝
症状：病鱼离群独游，鱼的头部和背部发黑，鳃部带有少量污泥，鱼鳍基部发红，死前常跃出入面。解剖发现肝脏上有绿色、白色相间的斑块，胆液显深绿色或淡黄色，肠道前部发红，有部分病鱼肾脏有炎症。
病因：绿肝与白肝的综合症。
治疗：
调整饲料营养结构比例的同时，适当地减少饲料投喂量或投喂次数，让鱼进行自身调整。
投喂药饵。在饲料中加入解毒、排毒、消炎、促进代谢的药物，如肝泰（鱼肝宝散）十氟瑞康（诺氟沙星，出口产品禁用）或肝胆利康散十恩福德（恩诺沙星，出口产品禁用）或三黄散十盐酸土霉素。
综合方法可参照绿肝与白肝的方法，并加以综合。
二、草鱼肝、肾疾病的预防
调控水质，定期用菌。在养殖水体中定期使用施诺克（地衣芽孢杆菌），用量为每667立方米水体250克；或养殖水体使用消毒杀虫剂48小时以后，再使用施诺克（地衣芽孢杆菌），以控制水体中有害物质的产生。
投喂营养全面的饲料。
注意饲料的卫生指标。
定期消毒，控制有害微生物的数量。
阴阳平衡