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人肠肉孢子虫在我国目前已知分布于云南、广西和西藏，人体自然感染率为4.2％—21.8％。猪人肉孢子虫在我国主要流行于云南大理、洱源县、下关市等地区，该地区的居民有生吃猪肉和半生不熟的猪肉的习惯。1983年曾对该地区进行过调查，检查414人，阳性者123人，感染率在9.1％—62.5％之间。云南省猪的肉孢子虫自然感染率为68％（昆明）。此外，在云南尚发现人肉孢子虫，1986年对耿马县城关和孟宝等地91头市售牛肉进行了抽查。人肉孢子虫阳性的有84头，感染率为92.3％；并收集了该地区47分在近10天内有生吃牛肉史者粪便，在粪便中发现人肉孢子虫卵囊和孢子囊者11例，人体自然感染率为13.4％。各地猪的肉孢子虫自然感染也较为严重，据报道(1984)，广州生猪检出率在80％、26~34％、59.52％~61.50％。在西藏采用特殊检查方法发现猪人肉孢子虫感染16例，人肉孢子虫感染202例。合计国内迄今共报告猪人肉孢子感染139例，人肉孢子感染236例。亚洲地区出我国外，也流行于泰国。