过硼酸钠较具硷性,在肠道中与酸作用,可分解为硼酸盐(如NaBO2)、硼酸与过氧化物(如过氧化氢)。至于硼酸盐对人体的毒性并不高,但在大量暴露时,可对人体延髓areapostrema造成刺激,而引起自发性呕吐。另外,硼酸盐在单次大量或重覆暴露时,可对中枢神经系统与肾?产生毒性,并可能引起维他命B2(riboflavin)缺乏。