蝇除骚扰人、污染食物和吸血蝇的叮刺吸血外，更重要的是传播多种疾病和引起蝇蛆病。
1.传播疾病 蝇类传播疾病包括机械性传播和生物性传播两种方式。
⑴机械性传播：非吸血蝇类通过蝇类体内外携带病原体以及蝇类特有的食性，将病原体传播扩散。蝇可传播痢疾、霍乱、伤寒、副伤寒、脊髓灰质炎、肝炎、肠道原虫病、肠道蠕虫病、结核病、细菌性皮炎、雅司病、沙眼和结膜炎等。吸血蝇类可实验传播脊髓灰质炎、炭疽、螺旋体病以及皮肤利什曼病等。
⑵生物性传播：舌蝇（Glossina）（采采蝇）能传播人体锥虫病（睡眠病），其病原体为布氏冈比亚锥虫和布氏罗得西亚锥虫，该病流行于非洲。此外，冈田绕眼果蝇（Amiota okadai）是结膜吸吮线虫的中间宿主。2.蝇蛆病（myiasis) 是由双翅目昆虫的幼虫对人和脊椎动物活体的侵害。本节仅限蝇类，按临床寄生部位分可为以下类型：
1）皮肤蝇蛆病：以纹皮蝇和牛皮蝇幼虫所致的病例最多。当雌蝇产卵于人的毛发或衣服上，孵出的幼虫钻入皮内，在皮下移动，停留时使该处形成疖样肿块，经几天后再继续移行，如此反复周期性出现，最后向表皮移动并开一小孔，幼虫可从小孔中逸出或被人用手挤出。人感染通常1～2条。侵犯部位以头、胸部最多。个别病例幼虫可移行到深部组织器官如胸腔、腹腔、眼、脑等。由皮蝇所致人体病例在国内已报道250余例，多为1龄幼虫，2、3龄幼虫少见。胃蝇1龄幼虫可钻入人体皮内并移行，凿成一条曲折的隧道，呈现出血性条纹状匍形疹。在隆起的末端可用针挑出虫体。国内报道由黑角胃蝇、赤尾胃蝇和肠胃蝇致人体皮肤蝇蛆病十余例。分布于美洲的人肤蝇和分布于非洲的嗜人瘤蝇，其幼虫对人的侵害与皮蝇相似，在皮肤的钻入部位形成疖样肿块，但不移行。
2）眼蝇蛆病：以狂蝇属和鼻狂蝇属的1龄幼虫所致病例最多。蝇在飞行过程直接冲撞眼部将幼虫产于眼结膜和角膜上致成急性结膜炎或角膜溃疡。国内人体眼部感染的报道有：羊狂蝇560余例；宽额鼻狂蝇170余例；紫鼻狂蝇20余例。偶见有家蝇、丝光绿蝇、纹皮蝇和牛皮蝇幼虫侵害人眼的病例。
3）胃肠道蝇蛆病：通常因人误食被蝇卵或幼虫污染的食物或饮水，或蝇在肛门附近产卵或幼虫进入肠内所致。患者可有恶心、呕吐、腹痛、腹泻和食欲不振等。国内报道40余例。其蝇种有家蝇、厩腐蝇、夏厕蝇、瘤胫厕蝇以及麻蝇科、丽蝇科和胃蝇科的一些蝇种。
4）耳、鼻、咽和口腔蝇蛆病：人的感染主要是由于患病器官有臭味分泌物，可诱蝇类产卵或产幼虫而致病。国内报道20余例。致病蝇种有家蝇、厩腐蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、铜绿蝇、叉丽蝇、黑尾黑麻蝇、急钩亚麻蝇、羊狂蝇、黑须汚蝇和蛆症金蝇等。
5）泌尿生殖道蝇蛆病：人感染常因赤身裸体，由尿道或阴道排泄物的臭味诱蝇产卵，孵出的幼虫进入泌尿生殖道而致病。国内报道十余例。致病蝇种有家蝇、夏厕蝇、元厕蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、铜绿蝇和棕尾别麻蝇等。
6）创伤蝇蛆病：由于创伤出血、伤口化脓所发出的气味诱蝇产卵或幼虫而致病。国内报道20余例。蝇种中以蛆症金蝇的病例较多。其他有家蝇、黑须汚蝇、陈氏汚蝇、丝光绿蝇、红头丽蝇和肥须亚麻蝇等。
7）吸血蝇蛆：如分布于非洲的黄尘蝇，幼虫在夜间侵袭人吸血。
阴阳平衡