⑴菟丝子 种子类圆形或卵圆形，腹枝线明显，两侧常凹陷，长径1．4-1．6mm，短径0．9-1.1mm。表面灰棕色或黄棕色，微粗糙，种喙不明显；于扩大镜下可见表面有细密深色小点，并有分布不均匀的白色丝状条纹；种脐近圆形，位于种子顶端。种皮坚硬，不易破碎，用沸水浸泡，表面有粘性，煮沸至种皮破裂，露出黄白色细长卷旋状的胚，称“吐丝”。除去种皮可见中央为卷旋3周的胚，胚乳膜质套状，位子胚周围。气微，味微苦、涩。
⑵南方茧丝子 与上种相似，但种子卵圆形，腹棱线不明显，大小相差较大，长径0.7-2.0．Mm，短径0.5-1.2 mm。表面淡褐色至棕色，一端有喙状突出并偏向一侧。于扩大镜下可见种脐微凹陷，位于种子先端靠下侧。
⑶大菟丝子 种子较大，长径约3mm，短径2-3mm，表面淡褐色或黄棕色。均以粒饱满者为佳。
⑵南方菟丝子 表皮细胞类长方形，少数为正方形，径向长17.5-27.5μm。外列栅状细胞径向长17.5-27.5μm，内列细胞木化，径向长42.5-50μm。营养层未见分泌物。⑴菟丝子 种手表皮细胞1列，在脐点处为2列，类方形，少数为长方形，壁木化，角隅处呈角状突起，径向长62.5-75.0 μm。栅状细胞2列，外列细胞木化，径向长17.5-27.5μm；内列细胞非木化，径向长27.5一32.5μm，外侧近交界处有光辉带。营养层明显，有分泌物。胚乳最外层细胞壁加厚，非木化，含大油滴和糊粉粒。
⑶大菟丝子 表皮细胞棱形、扁平或不规则多角形，壁木化，外侧壁特厚，含棕色物，径向长10-15μm。外列栅状细胞退化，内列栅状细胞径向长55-70μm。营养层相对致密。[3]
阴阳平衡