马蔺既可用种子繁殖也可进行无性繁殖，但直播种子出苗率相对较低，用成熟的马蔺进行分株移栽繁殖成活率较高。成熟野生种子绝大多数具有活力，种子发芽的内在潜力很大。经种子活度生化速测法测定，室内储存的种子与室外土埋贮藏的种子发芽势分别为90%和88%，但常温下种子发芽率和发芽势很低。常温下贮藏时间超过5年的种子，其活力下降。种子变温储藏和室外埋土越冬处理比室温下储藏发芽率高。种子发芽的温度范围为15-30℃。小于10℃或大于35℃时不发芽。恒温条件下发芽率普遍很低，一般播前采用温水浸种或层积处理，提高种子出苗率。马蔺种子硬实率较高，使得马蔺种子在常温室内培养条件下的发芽率平均仅10%-20%。野生马蔺多以分蘖形式进行无性繁殖。
种子繁殖方法：将圃地整细耙平，打成2m宽的畦，将种子播撒于条状沟内，覆土厚度为种子直径的2倍，每平方米用种量为15g左右，每亩产苗量30余万株，2-3a可达到生理成熟，开花结果。
分株繁殖方法：马蔺根状茎伸长长大时即可分株，一般可隔2-4a分株1次，在春、秋两季或花后进行。分割根茎时，每段带2-3个芽，割后用草木灰或硫磺涂抹切口，稍阴干后再种。一般采用15-500px株行距，每平方米用苗30株左右。三个月后开始分蘖，二年形成固定墩。
提高种子萌发是通过马蔺种子有性繁殖进行绿色地被建植的关键技术之一。播前采用温水浸种、层积处理、浓硫酸浸种等方法，均可破除种子硬实，提高发芽率和出苗率。如对采集的野生马蔺种子经浓硫酸溶液浸泡处理后，其发芽率平均提高30%-50%。同时，人工繁殖种子基地在中国已经建成，如在吉林和甘肃等地区建成了初具规模的马蔺商品种子生产基地，可为大面积建植提供种子来源。
为克服利用马蔺种子发芽进行有性繁殖的局限性，北京草业与环境研究发展中心与北京农业生物技术研究中心于2002年开展合作研究，筛选出了“成熟种胚——诱导愈伤组织——绿苗分化——继代增殖——生根——试管苗移栽”等全过程中各环节的最佳培养基和操作程序，从而建立起一套行之有效的马蔺组织培养快繁体系，为实现马蔺快速无性繁殖，大幅度降低马蔺建植成本，奠定了基础。同时，也为今后开展马蔺体细胞无性系变异体筛选乃至基因工程改良等生物技术育种工作奠定了可靠的技术基础。
阴阳平衡