配伍禁忌
胃虚呕恶，脾虚泄泻，五更肾泻，均应慎服。
1.《本草经集注》:恶菊花、芜花、玄参、白鲜；畏款冬。
2. 《药性论》:恶白僵蚕，忌猪肉。
3.《蜀本草》:畏牛膝。
4.《纲目》:黄连大吉大寒，用之降火燥湿，中病即当止，岂可久服，使肃杀之令常行，而伐其生发冲和之气乎？
5.《本草正》:黄连善泻心脾实火，虚热妄用，必致格阳，故寇宗荧日:虚而冷者，慎勿轻用；王海藏日:夏月久血痢不用黄连， 阴在内也。
6.《本草经疏》:凡病人血少气虚，脾胃薄弱，血不足，以致惊悸不眠，而兼烦热躁渴，及产后不眠，血虚发热，泄泻腹痛，小儿 痘疮，阳虚作泄，行浆后泄泻，老人睁胃虚寒作泻，阴虚人天明溏泄，病名肾泄，真阴不足，内热烦躁诸证，法咸忌之，犯之使人危 殆。
7.《本草新编》：黄连，味苦，寒，可升可降，阴也，无毒。入心与胞络。最泻火，亦能入肝。大约同引经之药，俱能入之，而入心，尤专经也。止吐利吞酸，善解口渴。治火眼甚神，能安心，止梦遗，定狂躁，除痞满，去妇人阴门作肿。治小儿食土作疳，解暑热、湿热、郁热，实有专功。
药方选录
黄连1.治丈夫、妇人三焦积热．上焦有热 攻冲眼目赤肿 头项肿痛 口舌生疮；中焦有热 心膈烦躁 不美饮食；下焦有热 小便赤涩 大便秘结 五脏俱热 即生疽疖疮痍及五般痔疾 粪门肿痛 或下鲜血：黄连（去须、芦）、黄芩（去芦）、大黄（煨）各十两．上为细末炼蜜为丸 如梧桐子大．每服三十丸 用熟水吞》 如脏腑壅实 加服丸数．小儿积热 亦宜服之． （《局方》三黄丸）
2.治伤寒胸中有热 胃中有邪气 腹中痛 欲呕吐者：黄连三两 甘草三两（炙） 干姜三两 桂枝三两（去皮） 人参二两 半夏半斤（洗） 大枣十二枚（擘）．上七味 以水一斗 煮取六升 去滓．温服 昼三夜二．（《伤寒论》黄连汤）
3.治心烦懊依反复 心乱 怔仲 上热 胸中气乱 心下痞闷 食入反出：朱砂四钱 黄连五钱 生甘草二钱半．为细末 汤浸 蒸饼丸如黍米大．每服一十九 食后时时津唾咽下．（《直指方》黄连安神丸）
4.治心经实热：黄连七钱．水一盏半 煎一盏 食远温服 小儿减之．（《局方》泻心汤）
5、治少阴病，得之二三日以上，心中烦，不得卧： 黄连四两，黄芩二两，芍药二两，鸡子黄二枚，阿胶三两(一云三挺)。上五味，以水六升，先煮三物，取二升，去滓，纳胶烊尽，小冷，纳鸡子黄，搅令相得。温服七台，日三服。(《伤寒论》黄连阿胶汤)
6、治心肾不交，怔忡无寐： 生川连五钱，肉桂心五分。研细，白蜜丸。空心淡盐汤下。（《四科简效方》交泰丸）。
阴阳平衡