其发病与输卵管炎症、输卵管手术、宫内节育器放置、输卵管发育不良或功能异常、受精卵游走及输卵管周围肿瘤压迫等有关。
临床上可分为输卵管粘膜炎和输卵管周围炎，两者均为宫外孕的常见病因。严重的输卵管粘膜炎可使输卵管完全堵塞致不孕，轻者使粘膜皱襞粘连导致管腔变窄，蠕动不良而影响受精卵在输卵管内的正常运行，致使中途受阻而在该处着床。输卵管周围炎病变主要在输卵管的浆膜层或浆肌层，炎性渗出造成输卵管周围粘连，致使输卵管扭曲，管腔狭窄管壁蠕动减弱，从而影响受精卵的运行。
各种形式的输卵管绝育，若形成输卵管瘘管或再通，均有导致输卵管妊娠的可能。而输卵管绝育术后的吻合复通术或输卵管成行术，均可能因管腔狭窄而导致输卵管妊娠。
随着宫内节育器的广泛应用，异位妊娠的发生率增高，这可能与放置后引起的输卵管炎有关。
输卵管发育不良常表现为输卵管过长、肌层发育差、粘膜纤毛缺乏。双输卵管、憩室或有副伞等，均可成为输卵管妊娠的原因。
一侧卵巢排卵，若受精卵经宫腔或腹腔向对侧输卵管移行，则称为受精卵游走。受精卵由于移行时间过长，发育增大，即可在对侧输卵管内着床发展成输卵管妊娠。
输卵管周围肿瘤如子宫肌瘤或卵巢肿瘤，由于压迫到输卵管，影响输卵管的通畅，使受精卵运行受阻。子宫内膜异位症、既往异位妊娠史、助孕技术等亦与异位妊娠的发病相关。
输卵管管腔狭小，管壁薄。其粘膜下组织及肌层部适应胎儿的生长发育，因此，当输卵管妊娠发展到一定程度，即可发生以下结局：
（1）输卵管妊娠流产：多见于输卵管壶腹部妊娠，多在妊娠8~12周发病。若整个胚囊完全自输卵管粘膜层剥离，经输卵管逆蠕动排到腹腔，即为输卵管妊娠完全流产，出血不会太多，流产发生后腹痛将会缓解。若胚囊剥离不完整，仍有部分附着于管壁上，则为输卵管不完全流产，滋养细胞继续生长侵蚀输卵管壁，导致反复出血，形成输卵管血肿或其周围血肿，出血积聚于子宫直肠陷窝，甚至留至腹腔。
（2）输卵管妊娠破裂：受精卵着床于输卵管粘膜皱襞间，随着囊胚生长发育绒毛向管壁方向侵蚀肌层及浆膜，最后可穿透浆膜，形成输卵管妊娠破裂。输卵管肌层血运丰富，破裂造成迅速、大量出血，在盆腔或腹腔内形成血肿，处理不及时可发生休克。
输卵管间质部是自子宫角部延续而来，肌层较厚，如果受精卵在此着床并发育，可维持到妊娠月份较大时才出现症状，由于此处血运丰富，一旦破裂，出血凶猛，症状极为严重。
（3）继发性腹腔妊娠：输卵管妊娠或破裂，胚囊从输卵管排到腹腔或阔韧带内，多数死亡，偶尔胚囊存活，绒毛组织附着于原来部位或排至腹腔后重新种植而获得营养，胚胎继续发育形成继发性腹腔妊娠。若破口在阔韧带内，可发展为阔韧带妊娠。
输卵管妊娠和正常而妊娠一样，由于滋养细胞产生激素，月经停止来潮，子宫增大变软，约有1/4的患者子宫增大如同宫内孕，如果异位妊娠的胎儿存活并继续生长发育，子宫可被推向一侧。子宫内膜亦受激素影响而发生蜕膜反应，蜕膜排出时患者会出现腹痛，组织学检查未见绒毛，有时可见Arias-Stell反应。
阴阳平衡