沙眼衣原体仅侵入睑结膜及穹隆结膜上皮细胞,但引起的病理变化则达深部组织。首先表层上皮细胞表现变性脱落,而深层者则增生,随着病程发展,上皮细胞增生很快,使上皮层不再平滑,而形成乳头。乳头的实质里有扩张的微血管、淋巴管与淋巴细胞。于此同时结膜上皮下组织即发生弥漫性淋巴细胞浸润,同时有限局性聚集,形成滤泡。滤泡中央部有很多淋巴母细胞、巨噬细胞及网织细胞,其周围则为大量的小淋巴细胞。承受病程的进展,滤泡发生变性及坯 煞费苦心,继而结缔组织增生形成瘢痕。睑板亦有弥漫性淋巴细胞浸润而致肥厚,严重者结缔组织增生,使之变形。角膜血管翳皆自上方角膜缘开始,角膜微血管扩张并向角膜中央部分发展,伴有细胞浸润,初位于浅层,继则向角膜下方及深层发展。初呈垂帘状,严重者可侵及全部角膜。