迄今为止，手术治疗是公认的贲门癌的首选治疗。由于其组织学为腺癌或粘液腺癌，放射治疗几乎无效，化学治疗效果也甚微。贲门癌手术适应证：
①经X线、细胞学及内镜确诊；
②超声检查、腹部CT扫描或腹腔镜检除外淋巴结、肝、肾上腺、网膜、腹膜及盆腔转移，无腹水；
③一般情况中等以上，无重大心肺或其他脏器合并症。
由于贲门的解剖学特点，与肝、脾、横结肠、胰尾、肾、肾上腺、小肠、膈肌、后腹膜等诸多脏器相邻，又具有丰富的淋巴引流，向上入纵隔，向下沿大弯及小弯两条主要通道扩散，还可在胃壁内浸润，甚至达到全胃，因此一般的消化道造影不可能显示全部上述各个进程，应用发泡剂双重对比造影，可以清楚显示肿块、软组织影、粘膜破坏、溃疡、胃壁增厚的范围等，但X线改变常要比实际情况轻。应用腹部CT，可以了解肿物与周围器官之关系，但是比较食管的CT所见，贲门癌的阳性发现往往不太肯定，譬如是否侵及胰，往往判断不正确，CT怀疑有胰尾浸润而实际并无粘连，CT认为与胰无关联，但开腹肿瘤与胰浸润粘连成团。CT有助于发现肝转移，但对局部淋巴结转移的判断就不太准确。总之，在术前判断贲门癌之发展程度，估计其切除可能性等是一件相当困难的事，是临床到目前尚未解决的难题。为了不使病人失去治疗机会。腹部B超、CT以及食管胃造影等检查的阳性发现，除非确证已有广泛扩散转移，都应给予探查，争取切除病变并恢复消化道连续性。
医科院肿瘤医院胸外科习惯采用左胸后外侧标准开胸切口，经第7肋床或肋间，然后在左膈顶部以食管为轴心作辐射状切口开腹。此种径路，对贲门区显露良好，足以行次全胃切除及胃周及胃左血管的淋巴结清扫。如需要扩大切除范围，行全胃或合并切除脾、部分胰等，则可将该切口向前下延到上腹壁，切断左肋软骨弓膈肌及腹壁肌肉，很方便地变成胸腹联合切口，充分显露上腹部。
在心肺功能储备低下和高龄病人中，可以采用颈腹二切口非开胸食管内翻拨脱部分胃切除，食管胃颈部吻合术。先开腹探查病变可以切除后，通过胃底或腹段食管开口将食管探条送到颈部，此时颈部食管已经显露，在准备作吻合部位之下方将食管结扎固定在探条上，切断上方食管，持续而均匀地牵拉探条，将食管自上而下翻转拔脱。游离胃常规切除部分胃，大弯剪裁成管状，经食管床上提入颈与食管吻合，这种手术的缺点是胃切除范围受限，可以导致胃侧切缘不净有残余癌。当纵隔过去有炎症，如淋巴结核而发生粘连时，会使翻转拔脱遇到困难，拔不动或是撕裂气管支气管膜部，发生后一种情况时需立即开胸修补，如事先已经估计拔脱有困难时，最好采用开胸切除的办法。
对心肺功能不足病人还有一种手术径路，就是联合胸骨正中切开和上腹正中切口，术中注意防止双侧胸膜破裂，并将心包自膈面游离，中线切开膈肌达食管裂孔，将心包前提显露后纵膈，然后常规将贲门癌及下段食管切除，残胃上提在后纵隔与食管吻合。此种切口显露后纵隔受一定限制，可以使用食管胃机械吻合器以保证吻合口质量。
常用的手术方法是近侧胃次全切除术。适应于贲门部肿瘤体积不大，沿小弯侵延不超过其全长的1/3时。手术具体操作如下：左后外第7肋床或肋间开胸，探查下段食管，然后以裂孔为轴心向左前切开膈肌、探腹，无肝、腹膜转移或广泛淋巴结转移时，沿大弯离断大网膜、左胃网膜动脉和胃脾韧带中的胃短动脉，离断左侧膈肌脚，完全显露下段食管，清除该部位（包括下肺韧带内）淋巴结。纱布垫开胰体及尾，显露胃左血管及其附近的淋巴结，仔细清扫淋巴结，结扎切断胃左血管，离断肝胃韧带，近侧胃完全游离，在大弯侧裁制胃管，如有胃缝合机可节省操作时间。要求切缘距肿瘤边不＜5cm。将胃管顺时针旋转90°，然后与食管下残端对端吻合，里层是全层结节缝合，外层将胃浆肌层向上套叠包绕吻合口约2cm，如望远镜状。吻合前为防止胃口粘膜过长，外翻覆盖肌层边影响吻合操作，可先环状切开胃管口部肌层，此时松弛的粘膜由于远侧肌层回缩而如袖状裸露。充分作粘膜下层止血，齐远侧肌层平面剪除多余之粘膜，此时胃管口的粘膜正好与肌层相平，吻合时视野十分清晰，有助于严密对合。
肿瘤浸润超过胃小弯长度一半时需行全胃切除，需离断全部5组胃的血供，全胃切除后缝合十二指肠端，作食管空肠吻合术。最简单的是食管空肠端侧吻合，空肠空肠侧侧吻合术，或者是Roux-Y食管空肠对端吻合，空肠空肠端侧吻合术。作者认为前者操作较简，空肠血运较后者保存更好。
如肿瘤已侵及胃脾韧带或胰尾，则可在次全或全胃切除同时行脾、胰尾切除术。注意妥善缝合胰的切断面，最好再用大网膜覆盖，以防止发生胰管瘘。
贲门癌手术治疗时胃切除范围一直是有争议的问题。有主张一律行全胃切除，有的作者主张整块切除全胃、脾、胰尾、网膜及区域淋巴结取得改进的生存。也有比较次全及全胃切除术后疗效，发现两者之存活率并无差别，建议仅在肿瘤累及胃体时作全胃切除。还有的作者发现在全胃切除术时预防性脾切除对有脾门淋巴结转移者并不无益于长期生存，而对无脾门淋巴结转移病例，未作脾切除的反而存活率高。脾切除组还存在术后感染率高，复发死亡较快等现象。医科院肿瘤医院937例报告中，有10例行全胃切除术。其中9例在1年内死亡，1例没有活过2年。胃次全切除合并切除脾、胰尾者20例。术后死亡2例，有2例存活5年以上（1例6年，另1例8年）。作者同意一些人的观点，贲门癌由于就诊时多数已属晚期，早已存在淋巴结转移，根治手术是无助益的。假如肿瘤确实还是局限时，根治手术又无必要。对于局限于贲门部不超过小弯长度的1/3的病变，应行胃次全切除术加区域淋巴结清扫，是比较合适的治疗方针。
贲门癌的手术疗效比食管癌要差。国内三大组切除率73.7%～82.1%，切除死亡率1.7%～2.4%。三大组的5年生存率19.0%～24.0%，10年生存率8.6%～14.3%。
影响贲门癌远期生存的主要因素为淋巴结有无转移，肿瘤是否浸润浆膜以及切除性质（根治或姑息）。贲门癌的国际TNM分期，由于综合了前两个可变因素，同样是预测病人转归的有效指标。
远侧胃部分切除术后残胃囊发生癌的报告日益增多。其发生率为0.55%～8.9%，其中发生在贲门部的占全部的16.4%～58.5%，残胃贲门癌在贲门癌中的发生率为1.5%～2.7%。
阴阳平衡