本病需与马凡氏综合征鉴别:
二者的共同点是晶体异位、蜘蛛指趾、心血管症状。但遗传方式和病情发展不同。本病为隐性遗传,马凡氏综合征是常染色体显性遗传,指趾细长自初生即可见到;而同型胱氨酸尿症在初生为正常,数年后骨骼的生长不成比例,而四肢加长,此外还有血栓栓塞症状,骨质疏松,椎骨有双凹畸形等。更重要的是马凡氏综合征没有本病那种生化代谢异常。
临床通过血管造影,CDI、MRI以及病史、体检、化验相区别,尿同型胱氨酸定性试验是二者鉴别的主要依据。