根据目前的报告，可以说绝大多数微生物感染后，均可引起反应性关节炎，主要分为三大类型：①非淋病性尿道炎后发病型：主要为衣原体；②细菌性腹泻后发病型：主要为沙门菌、志贺菌、耶尔森菌、弯曲菌、弧菌；③链球菌感染后发病型：主要为链球菌；扁桃体炎(扁桃体隐窝脓肿)引起的还包括其他许多细菌。此外还有支原体、包柔螺旋体、布鲁杆菌、Bedsonia病毒、肺炎衣原体等。
已经证明，肠道及泌尿生殖道感染引起的反应性关节炎多与易感基因HLA-B27有关，而链球菌，病毒，螺旋体导致的反应性关节炎一般无HLA-B27因素参与，但是，是否与其他基因有关尚无定论。
近几年的研究发现，反应性关节炎患者的HLA-B27阳性率达65%～96%，HLA-B27携带者发生反应性关节炎的机会增加50倍，但是，HLA-B27基因既不是反应性关节炎的惟一致病原因，也不是其必需的条件，该基因阴性者同样罹患反应性关节炎，家系研究发现，感染痢疾的HLA-B27阳性家族成员中并未全部发生反应性关节炎，而出现反应性关节炎者也并非均为HLA-B27阳性，但HLA-B27阳性患者的临床症状明显重于该基因阴性者，而且，HLA-B27阳性者容易发展成慢性反应性关节炎，研究提示，HLA-B27阳性者的反应性关节炎易感性与致病菌的种类有关，如在沙门菌引起者的HLA-B27阳性率为20%～33%，在支原体引起者为40%～50%，耶尔森菌引起者为70%～80%，而在志贺菌引起者则达80%～97%。
对HLA-B27在反应性关节炎发病中作用的研究发现，该基因阳性患者的中性粒细胞活性增强，并可能由此增强对致病细菌的免疫反应，同时，HLA-B27可延长细胞内病原菌的存活时间，从而增加T细胞对该病原菌及其抗原肽的反应性。
近几年来，HLA-B27通过分子模拟致病的假说受到质疑，因为，尽管克雷白肺炎杆菌与HLA-B27具有共同氨基酸序列，但是，这种序列并不仅限于致病菌，而且，利用特异性细菌抗原肽并未诱导出特异性T细胞或B细胞，因此，难以证实这些细菌是通过分子模拟机制在反应性关节炎的致病中发挥作用。
除HLA-B27之外，其他基因与反应性关节炎的关系已有不少研究，已经证明，HLA-B51，B60，B39及B7均可能增加反应性关节炎的易感性，HLA-B60和HLA-B27在反应性关节炎致病中有协同作用，而HLA-B39和HLA-B7则可见于HLA-B27阴性的患者，可能直接参与反应性关节炎的致病过程，另有研究发现，链球菌感染后反应性关节炎患者携带HLA-DRB1*01基因的频率增加，而相比之下，链球菌感染后发生典型急性风湿热的患者多为HLA-DRB1*16阳性，这些发现均为近几年试验研究的结果，但是，进一步的结论尚需更多的研究证实。
阴阳平衡