导致直肠阴道瘘的病因很多,如:①先天性畸形;②分娩伤,最为常见,包括滞产和产科手术;③妇科手术损伤经腹或经阴道盆腔妇科手术;④炎症性肠病;⑤药物腐蚀或异物;⑥癌肿侵蚀或放射治疗后;⑦其他穿入或闭合性损伤;如骑跨伤或强奸亦均可形成此种瘘。在诸多病因中,3度会阴撕裂、产科手术如会阴切开,特别是会阴直肠切开很易发生直肠阴道瘘。对这些损伤未及时发现,或及时修补或修补后发生感染,终将发生直肠阴道瘘阴道或直肠手术,特别是靠近齿状线者亦常发生瘘管。